ATP荧光检测仪采用萤火虫发光原理检测ATP。将采样后的ATP测试棉棒插入到提取剂中，细胞内的ATP被释放出来，然后ATP和试剂发生反应，试剂含有荧光素和荧光素酶，在ATP存在的条件下会发光，发出的光可由ATP荧光检测仪进行检测，检测的发光量（RLU）和ATP的总量成正比，RLU数值越高，表明ATP的量越多，也意味着表面的残留物越多。
1.灵敏度高
荧光光谱检测分析有着*的灵敏度。与常用的紫外—可见分光光度法比较，荧光是从入射光的直角方向检测，即在相对的暗背景下检测荧光的发射，而分光光度法是在人射光的直线方向检测，即在亮背景下检测暗线。因此一般荧光检测分析的灵敏度要比分光光度法大2-3个数量级。例如，对易致癌的3,4苯并花(3,4-Benzopyrene)的测定，若采用分光光度法，可检测到10-6数量级；而采用荧光法可以达到10-9数量级。
2.选择性强
荧光光谱包括激发光谱和发射光谱。所以荧光法既能依据特征发射，又可按照特征吸收，即用激发光谱来鉴定物质.假如某几种物质的发射光谱相似，可从激发光谱差异区分它们。若其吸收谱相同，则可用发射谱将其区别。因此，与只能得到待测物质的特征吸收光谱的分光光度法相比，在鉴定物质时，荧光法选择性更强。
3.样品用量少及方法简便
由于灵敏度高，所以可大大减少样品用量。特别在使用微量样品时，效果明显。例如用荧光法测定蛋白质中*的含量时，只用40ug的样品即可。另外荧光分析方法简便，快速。
4.能提供较多的物理参数
可提供包括激发光谱、发射光谱及荧光强度、量子产率、荧光寿命、荧光偏振等许多物理参数.这些参数反映了分子的各种特性，且通过它们可以得到被研究分子的更多信息，这也是分光光度法不能相比的地方。
5.环保特点
具备环保性，试验后的样品不污染环境，绿色检测手段，将会获得不断推广。
